Stiftelsen Bryggen initierte et istandsettingsprosjekt som i 2000 ble overtatt av Riksantikvaren. Prosjekt Bryggen har som målsetting å ruste opp verdenskulturminnet Bryggen til et nivå som er i samsvar med kulturminnets høye status og der en kan fortsette skjøtselen med vanlig vedlikehold.
Alle planlagte og godkjente tiltak skal utføres etter høyeste antikvariske krav, og i samsvar med styresmaktene for kulturminnevern. Den norske stat har et forpliktende ansvar gjennom sin ratifikasjon av verdensarvkonvensjonen, og prosjektet har i hovedsak blitt finansiert gjennom statlige midler.
Prosjekt Bryggen gjelder i første rekke vern og sikring av Bryggen, men inneholder og perspektiv på oppbygging av restaureringskompetanse og nettverksbygging.
Tidsrammen for gjennomføring av prosjektet er foreløpig på 31 år (fra 2000), og er delt inn i følgende faser; Forberedende (2år), oppstart (2år), gjennomføring (25 år) og avslutning (2år). Den lange tidsrammen på prosjektet har sammenheng med praktiske utfordringer og faglige krav til arbeidet.