Bygningene på Bryggen i dag står på tykke lag av bygningsrester og avfall etter flere hundre år med menneskelig aktivitet. Gjennom arkeologiske utgravinger har en fått kunnskap om en mer eller mindre kontinuerlig utbygging og utfylling i Vågen i en periode på over 1000 år. Til fundamentering for utfyllingen har en brukt steinfylte bolverkskar; grovt laftede tømmerkasser. På toppen av utfyllingene la en krysslagte tømmerstokker som fundament for bygningene. Etter hver brann la en dette tømmerfundamentet rett på brannlaget.
Utgravinger har vist at det under bygningene som står i dag er opp til over 8 meter tykke kulturlag bestående av treverk og organisk materiale. Under de fremste bygningene er det ca. 12 meter ned til grunnfjellet.
De bygningene en har på Bryggen i dag er fra gjenreisingen etter storbrannen i 1702. Trekaien fra samme tid strakte seg ca. 25 meter ut fra fasadene og ligger i dag under asfalt og flere lag med brostein.
