Stiftelsen Bryggen initierte et istandsettingsprosjekt som i 2000 ble overtatt av Riksantikvaren. Prosjekt Bryggen har som målsetting å ruste opp verdenskulturminnet Bryggen til et nivå som er i samsvar med kulturminnets høye status og der en kan fortsette skjøtselen med vanlig vedlikehold.
Alle planlagte og godkjente tiltak skal utføres etter høyeste antikvariske krav, og i samsvar med styresmaktene for kulturminnevern. Den norske stat har et forpliktende ansvar gjennom sin ratifikasjon av verdensarvkonvensjonen, og prosjektet har i hovedsak blitt finansiert gjennom statlige midler.
Prosjekt Bryggen gjelder i første rekke vern og sikring av Bryggen, men inneholder og perspektiv på oppbygging av restaureringskompetanse og nettverksbygging.
Prosjektet og arbeidene skal ha en varighet til bygningene er strukturelt istandsatt.